O maior problema copiando e colando ou Ubuntu ou Windows, é que a área de transferência, onde os dados são armazenados, contém apenas um valor.
Aqui estão dois software para copiar e colar múltipla, uma para o Ubuntu e outra para Windows.
Parcellite é o que proponho para o Ubuntu. Ele se encaixa muito bem no Gnome:

Com um clique [...]